Se non trovate nell'elenco seguente quello che cercate potreste dare un occhio a questi siti:
http://www.osalt.com
http://www.linuxalt.com/
http://www.3sulblog.com/2009/03/03/lista-delle-50-migliori-applicazioni-...
http://alternativeto.net/desktop

(sono mischiati ma a breve li sistemo)

DJ java decompiler --> Jadclipse (http://jadclipse.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page)
Firefox --> Firefox
Winscp --> Wine + Winscp portable
7-zip --> Non serve
Adaware spyware antivirus --> Non serve
XMLSpy --> Xml copy editor oppure Wine
Apache http server --> Apache http server
Cisco VPN client --> Cisco VPN client
Filezilla --> Filezilla
Foobar --> Rhythmbox
Freemind --> Freemind
Google Chrome --> (Chromium ma nn ancora installato)
Google Talk --> Pidgin
Irfanview --> ?
Thunderbird --> Thunderbird
MyphoneExplorer --> Wammu (nn lo sostituisce al 100% però...) http://thegiornale.wordpress.com/2009/07/14/phone-management-via-wammu/ oppure www.wammu.eu
Notepad++ --> Scite oppure Bluefish oppure JEdit
OpenOffice --> OpenOffice
OpenProj --> OpenProj
Opera --> ?
PAint.net --> Gimp
Rainmeter--> Monitor di sistema
Safari --> ?
IE6 --> macchina virtuale con VirtualBox
Skype --> Skype
MSN --> Pidgin
Stickies --> Tomboy (treepad)
VirtualBox --> VirtualBox
Technitum MAC addres changer --> macchanger
UVC --> UVC
VLC --> VLC
Winmerge --> ?
X-lite --> ?
xplorer2lite --> mucommander
Treepad --> Treepad o jtreepad
Putty --> c'è da chiedere?
SquirrelSQL --> SquirrelSQL